Los Consejos de Cuenca son los órganos de coordinación entre la CNA, las tres instancias de gobierno y de concertación con los representantes de los usuarios de la respectiva cuenca hidrológica, con objeto de formular y ejecutar programas y acciones para mejorar la administración de las aguas, el desarrollo de la infraestructura hidráulica y de los servicios respectivos y la preservación de los recursos de la cuenca. Tienen un sustento legal en conformidad con el artículo 13 de la Ley de Aguas Nacionales.Cuentan con organizaciones auxiliares, bien sean de carácter permanente o temporal para el estudio, planeación y atención de los asuntos de su competencia, los cuales estarán subordinados jerárquicamente a sus decisiones y acuerdos. Dentro de estas organizaciones se considera a los Grupos de Seguimiento y Evaluación, las Comisiones de Cuenca, los Comités de Cuenca y los Comités Técnicos de Aguas Subterráneas (Cotas), que son organismos esencialmente formados por los usuarios de las aguas subterráneas de cada acuífero.Hasta la fecha, (aunque las cifras oficiales varían) existen 69 Cotas instalados a lo largo del país, dentro de sus funciones en el marco de la LAN, se encuentran las siguientes:

1. Coadyuvar en el desarrollo de estudios financieros para contribuciones de los usuarios
2. Conocer oportunamente la información sobre disponibilidad, usos del agua y derechos registrados
3. Impulsar el uso eficiente y el reúso de las aguas
4. Participar en el mejoramiento de la cultura del agua
5. Colaborar en la prevención, conciliación y arbitraje de conflictos en materia de agua
6. Auxiliar a la CONAGUA en la vigilancia de los aprovechamientos de las aguas subterráneas

Los Cotas se integran de la siguiente manera:- Un presidente, un secretario y un tesorero. Son elegidos por los usuarios democráticamente en asamblea de usuarios constituida para este fin.- Vocales usuarios. Son representantes de los diversos sectores de usuarios de las aguas del acuífero: agrícolas, industriales, organismos operadores de agua potable y otros usos del agua que aprovechan el acuífero.El órgano directivo se apoya en un grupo técnico consultivo, formado por los representantes de las dependencias y entidades de los gobiernos federal y estatal directamente vinculados con las actividades productivas de los usuarios del agua y con representación en el ámbito territorial del acuífero.- Cuenta con una secretaría o gerencia técnica, que constituye una unidad de apoyo al Cotas cuya función principal es reunir, preparar y proporcionar la información técnica necesaria para el análisis y discusión de los problemas que afronta el acuífero, así como la de facilitar la logística de organización del Cotas y sus eventos técnicos.- Como invitados participan: universidades, institutos de investigación, organismos no gubernamentales, asociaciones y colegios de profesionales y otras organizaciones que pueden contribuir al mejor conocimiento del comportamiento del acuífero y de los problemas asociados a su explotación.
Guanajuato cuenta con 14 COTAS, en una reunión celebrada el 28 de febrero del 2006, el Cevia ofrece a los usuarios y personal de las COTAS brindarles los servicios por internet de Grupos de Trabajo para facilitar su labor y promover con ellos la comunicación e intercambio de experiencias, eventos, reuniones, avisos, acuerdos, etc. entre los Gerentes Operativos/equipos de los COTAS de Guanajuato.